经历一次重大失败后，人类阵营死守不出，甚至主动放弃一些较小的基地，盖亚阵营成员依然太少，无法派人去占据，倒是便宜了神灵阵营，不过，他们也只是派出几个神灵驻守，毕竟神灵阵营的人数也不算多。
短时间内，兰斯也没办法，只能努力恢复状态，让美狄亚积存魔力，能够再次积存足够的魔力的话，或许可以再次使用隆基努斯之枪，攻破大中型基地。
盖亚基地得以重建，腑海林.阿纳修也重新成长，依然作为主要防御手段，不过，与以前不同，它的核心进化为一个新的生命体，外貌看起来类似于人类女性，绿色的皮肤，蔓藤一般的头发，身体上穿着一些蔓藤，树叶构成的衣服，她能力就是培植、催生植物，依然能生产魔力果实。
这段时间，吉尔伽美什与恩奇都时常溜出去，鬼鬼祟祟的，直到有一天，他们带抓回来一名女性英灵和她的aster，这个aster兰斯还认识，竟然是间桐樱。英灵名为美杜莎，受到雅典娜的诅咒，有着相当悲惨的遭遇，在神灵的领地附近晃悠，多半是想要报仇之类的。
兰斯这下明白了吉尔伽美什的打算，他多半想对那些神灵下手，传说中他与神灵可是有相当大的仇恨。
吉尔伽美什不是想做，实际上他已经在做，当初得知隆基努斯之枪的复原与毁灭的力量之后，他想试一试隆基努斯之枪是否对神灵有效。
神灵具有强大的能力之外，许多都有不死性的特点，极难对付，吉尔美伽什对那些驻守小基地的神灵试用，发现朗努基斯之枪果然可以杀死……不对，不算是杀死，而是将神灵还原，成为原始的状态。神灵作为盖亚的触角诞生，还原之后，化为最初始状态，如果还是以前的世界，他们或许可以回归盖亚，现在的世界并且在圣杯战争期间，他们只能化为一股杂乱能量爆炸，也就相当于彻底死亡。
天之锁，吉尔伽美什最喜欢的一样宝具，具有神性越高的生命，越难以挣脱天之锁的捆缚，与隆基努斯之枪组合起来，对于神灵简直是天敌一般的存在，天之锁捆住，戳上一枪，神灵立马完蛋。
对此，吉尔伽美什兴奋不已，声言完全有把握屠灭所有的神，这段时间小打小闹，干掉他口中的杂种神，如果兰斯帮忙的话，或许可以直接进攻神灵的基地。
兰斯听了之后也是心动，神灵阵营人数也不多，主要是能力厉害，有了吉尔伽美什发现的办法，自然没问题，不过，具体的还要考量一下，而正在兰斯想要亲自探查神灵阵营的情报的时候，盖亚阵营来了不少客人。
征服王伊斯坎达尔曾经说过有投靠盖亚阵营打算，结果真的带了一帮子属下前来，至于原因，人类内部开始清洗，无论是英灵还是aster，应该是想要将所有力量集中在真正的强者手上。
英灵们自然不愿意，只是碍于令咒的束缚，不过，一些英灵还是想出办法摆脱人类阵营，最好的办法自然是让aster脱离人类阵营。
伊斯坎达尔早有些先见之明，认为人类阵营的首脑、内部存在极大的隐患，人类统战部一开始行动，他就察觉事情不对，立刻带了aster韦伯和一帮人马投奔盖亚阵营。
接下来几天，圆桌骑士团的一些成员，先后说服他们的aster加入盖亚阵营，其余则是遭到清洗，成为意识体游荡，对于人类阵营的行径，这些比较有正义感的骑士都相当不忿。其他一些英灵设法摆脱令咒的束缚，投向其他阵营，比如围攻兰斯的基督七圣人就去神灵阵营，找他们的主去了。
在这个过程中，人类也发现了一件事情，令咒的力量并非是用来控制英灵，只不过是阿赖耶力量的载体，英灵的作用不过是转化阿赖耶的力量，用以作为向天之圣杯许愿的代价，于是，人类的首脑不再那么在乎英灵的数目，更多的英灵遭到清除，一些本来还想大展身手、或者完成一些愿望的英灵抱憾而终。
经过这样的清洗，能够留下来的英灵首先要听话，第二点要实力强，人类依旧留存相当的实力，并且集中到一些强者的身上，不过，内部依然存在矛盾。
说起来，也是因为前阵子兰斯的话，得知世界修正完成盖亚将成为真正的神，到那时候，就算人类获胜许愿，也不一定能行。一些人感到绝望，其实仔细想一想，修正后的世界似乎也不错，地球不再有死亡的威胁，人类依旧可以依托于地球生存，只是不再是主导，要与其他生命竞争，或许不算什么好消息，但是，从长远的角度来说，或许又算是一件好事，毕竟现在的人类世界也好不到哪里去，那些认为世界非常美好的，大多都是没有见识过人类世界的残酷的一面的年轻人。
不管怎么样，留给人类的时间不多了……人类的内部矛盾始终难以完全消弭，幸存的强者，抱着各种各样的目的，面对盖亚阵营真能创造奇迹？
不但要面对强大的对手，还要时刻提防同阵营的人的偷袭，惶恐、不安之类的情绪，让人类阵营的人每天生活在压抑之中。
对于那些主动投向盖亚阵营的人，则是没有这些问题，盖亚阵营的氛围不错，可以说比较轻松，加入者渐渐接受世界已经改变这一现实，理由也是很充分，盖亚阵营也是拯救世界，世界不存在了，人类单独生存……有意思？况且如果取得胜利，大家都有许愿机会。
对于个人来说，自己活着，自己在乎的人或者，其他还有什么需要关心的呢？毕竟那种心怀天下，满心全人类的幸福的圣人，绝对不是人类的常态。再说了，人类的寿命毕竟有限，安安稳稳度过几十年，之后的事情，想那么多干嘛？！
如果阿赖耶与盖亚完全对立，针锋相对的话，盖亚阵营与人类阵营早就爆发大战，实际上，阿赖耶只是要人类这个种群延续下去就足够，为了达成这个条件，甚至会在某些时候派出守护者屠杀人类，人类依托于地球才能生存，阿赖耶与盖亚实际上并非完全敌对，事情在一定程度上得到缓和，世界修正逐步完成，阿赖耶的力量也在减弱，人类未来还是要人类自己决定，而不是隐藏在暗处的什么力量。